有些地区根本无法应用某些技术而迫使国际快递全系统水平的下降；不同国家不同标准，也造成国际间“接轨”的困难，因而使国际快递系统难以建立；不同国家的风俗人文也使国际快递受到很大局限。
国际快递运输涉及面广，情况复杂多变。国际快递运输涉及到国内外许多部门，需要与不同国家和地区的货主、交通运输、商检机构、保险公司、银行或其它金融机构、海关、港口以及各种中间代理商等打交道。
国际快递运输的时间性强。按时装运进出口货物，及时将货物运至目的地，对履行进出口贸易合同，满足商品竞争市场的需求，提高市场竞争能力，及时结汇，都有着重大意义。特别是一些鲜活商品、季节性商品和敏感性强的商品，更要求迅速运输，不失时机地组织供应，才有利于提高出口商品的竞争能力，有利于巩固和扩大销售市场。
为了转嫁运输过程中的风险损失，各种进出口货物和运输工具，都需要办理运输保险。
国际快递运输相比于商业快递速度偏慢。查询网站信息滞后、通达国家较少、一旦出现问题查询只能做书面查询、时间较长。
