有些地区根本无法应用某些技术而迫使国际快递全系统水平的下降；不同国家不同标准，也造成国际间“接轨”的困难，因而使国际快递系统难以建立；不同国家的风俗人文也使国际快递受到很大局限。
由于各个国家和地区的法律、政策规定不一，贸易、运输习惯和经营做法不同，金融货币制度的差异，加之政治、经济和自然条件的变化，都会对国际快递运输产生较大的影响。国际快递运输必须加强时间观念，争时间、抢速度，以快取胜。
国际快递运输的风险较大。由于在国际快递运输中环节多，运输距离长，涉及的面广，情况复杂多变，加之时间性又很强，在运输沿途国际形势的变化、社会的动乱，各种自然灾害和意外事故的发生，以及战乱、封锁禁运或海盗活动等，都可能直接或间接地影响到国际快递运输，以至于造成严重后果，因此，国际快递运输的风险较大。
为了转嫁运输过程中的风险损失，各种进出口货物和运输工具，都需要办理运输保险。
国际快递运输相比于商业快递速度偏慢。查询网站信息滞后、通达国家较少、一旦出现问题查询只能做书面查询、时间较长。
