天麻种植过程中，绿霉是最常见、危害的病害之一。绿霉一旦爆发，会快速侵染菌材、麻种，导致菌材腐烂、天麻停止生长、烂麻减产。天麻绿霉防治要从源头抓起，贯穿种植全过程。首先，基质必须彻底，高温暴晒或药剂均可，杀灭杂菌孢子。其次，菌材要新鲜无霉变，蜜环菌菌种纯度高，避免带入杂菌。种植环境保持通风、控湿，避免长期高湿闷热，绿霉在高湿条件下扩散最快。发现局部绿霉感染，要及时隔离处理，清除病料，并对周边进行，防止扩散蔓延。筐栽天麻和大棚天麻密度高，更要重视通风降湿。科学防治绿霉，不用过度依赖药剂，以环境调控、无菌操作、健康菌材为主，就能实现种植。
天麻基质配比直接影响蜜环菌生长和天麻产量。科学基质配方以腐殖土、粗沙、木屑、菌材段为主，保持良好透气性和保水性。配比不当容易出现板结、积水、缺氧，导致绿霉爆发、菌材腐烂、天麻缺氧坏死。不同种植模式配比不同：地栽侧重保水透气，筐栽侧重疏松轻便，大棚种植侧重无菌稳定。基质使用前必须暴晒或处理，杀灭虫卵与杂菌。合理配比的基质颜色均匀、手感松散、握之成团、松之即散。做好基质配比，天麻成活率高、生长快、个头大、品相好，是高产种植的步。
大棚天麻种植不受季节限制，产量高、效益好。大棚可保温、遮雨、通风、防虫，为天麻提供最适生长环境。冬季防冻、夏季降温，实现全年可控管理。大棚内适合多层架栽、筐栽，空间利用率高，亩产效益突出。绿霉、鼠害、冻害、涝害明显减少，天麻成活率高、个头均匀。大棚种植便于标准化管理，适合规模化发展。掌握大棚天麻管理技术，轻松实现高产，是天麻种植升级的重要方向。
大棚天麻防冻是冬季管理重点。低温会造成麻种、蜜环菌活力下降，甚至大面积烂麻。防冻措施包括：封闭棚体、加盖保温膜、控制棚内湿度、避免基质过湿。寒潮来临前提前检查棚膜，防止漏风。保持棚内温度稳定在范围，不出现持续低温。适度干燥的基质更耐寒，湿度过高易受冻害。做好大棚防冻，天麻越冬，来年萌发早、长势旺，为高产打下基础。