预付款保函和付款保函在法律层面上存在明显的区别，主要体现在以下几个方面：

一、保证责任不同

预付款保函是由保证人为施工方向业主提供的，其本质是保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。换言之，预付款保函的核心目的是确保施工方能够按照合同规定，适时地扣还业主所支付的预付款项。

相比之下，付款保函（此处假设为履约保函，因付款保函通常指履约过程中的付款义务担保）则是由担保人为施工方向业主提供的，其保证责任更为广泛。履约保函不仅涵盖了施工方履行工程建设合同的责任和义务，还包括在承包商不履行合同时，业主有权要求保证人在保函金额内承担保证责任。

二、担保时间不同

预付款保函的担保时间通常较短，一般为30-90天。这是因为预付款保函的主要目的是确保预付款的及时扣还，而这一过程往往发生在项目开工的初期阶段。

然而，履约保函的担保时间则往往要贯穿整个项目周期，因此时间明显较长。这是因为履约保函需要为施工方在整个项目过程中的履约行为提供担保，确保业主的权益得到持续有效的保障。

综上所述，预付款保函和付款保函（履约保函）在保证责任和担保时间上存在显著差异。这些差异反映了两者在工程项目中的不同作用和功能，也为业主和施工方提供了更为灵活和的担保选择。